Najważniejsze mikroorganizmy w EM i ich sposób działania
Bakterie fotosyntetyzujące są niezależnymi mikroorganizmami samożywnymi. Tworzą pożyteczne substancje z wydzielin korzeni, materiału organicznego i/lub szkodliwych gazów (siarkowodoru), używając światła słonecznego i ciepła gleby jako źródeł energii.

Produkowane przez nie substancje zawierają aminokwasy, kwasy nukleinowe i bioaktywne substancje. Syntetyzują glukozę, która np. wspiera wzrost roślin, ale także wzmacnia działanie promieniowców. Bakterie fotosyntetyzujące wspierają aktywność innych mikroorganizmów. Z drugiej strony wykorzystują substancje produkowane przez inne mikroorganizmy.
Promieniowce, których budowa każe umieszczać je pomiędzy bakteriami i grzybami, produkują substancje z aminokwasów, wydzielanych przez bakterie fotosyntetyzujące i z materii organicznej.

Te substancje o działaniu antybiotycznym hamują wzrost szkodliwych grzybów i bakterii. Przyspieszają wiązanie azotu przez azotobakter (bakterie azotowe). Znajdują się w brodawkach korzeniowych roślin magazynujących azot (motylkowe), takich jak koniczyna czy groch.
Bakterie kwasu mlekowego produkują kwas mlekowy z cukru i z innych węglowodanów, które z kolei są wytwarzane przez bakterie fotosyntetyzujące i drożdże. Żywność i napoje, takie jak jogurt, kiszone warzywa, od dawna są produkowane przy pomocy bakterii kwasu mlekowego. Kwas mlekowy działa jak silny sterylizator. Nie dopuszcza do rozwoju szkodliwych mikroorganizmów i wspiera szybszy rozkład materiału organicznego.Najważniejszą rolą Lactobacillus w organizmie człowieka i zwierząt jest to,że zasiedlając jego układ pokarmowy tworzą naturalną barierę ochronną przeciwko innym chorobotwórczym bakteriom, czy wirusom.

Drożdże syntetyzują antybiotyczne i pożyteczne substancje z aminokwasów i cukrów, które wydzielają m. in. Bakterie fotosyntetyzujące. Produkują hormony i enzymy, które np. Aktywizują podział komórek. Ich wydzieliny są pożytecznymi substratami dla aktywnych mikroorganizmów, takich jak bakterie kwasu mlekowego i promieniowce.

Grzyby fermentujące, takie jak Aspergillus i Penicillium, powodują szybszy rozkład materiału organicznego, przy czym powstaje alkohol, estry i substancje antymikrobiologiczne. Zapobiegają powstawaniu brzydkiego zapachu i występowania owadów i robactwa.

zarodki penicillium
Na podstawie opisu z ksiązki Niezwykłe Stosowania EM Efektywne Mikroorganizmy Franz- Peter Mau